Penjaminan mutu adalah proses penetapan dan pemenuhan standar mutu pengelolaan pendidikan tinggi secara konsisten dan berkelanjutan sehingga Stakeholders (mahasiswa, orang tua, dunia kerja, dosen, tenaga penunjang) memperoleh kepuasan. Sebagai tindak lanjut untuk merespon isu strategis tersebut STMIK Hasan Sulur Wonomulyo telah mengeluarkan kebijakan, dalam rangka meningkatkan mutu pendidikan yaitu dengan membentuk Lembaga Penjaminan Mutu Internal (LPMI). Dalam pelaksanaannya, masing- masing Program Studi harus membentuk unit penjaminan mutu (Quality Assurance) yang merupakan kepanjangan tangan dari LPM ini. Sistem penjaminan mutu STMIK Hasan Sulur Wonomulyo dirancang dalam rangka mensolidkan diri agar sejalan dan mendukung STMIK Hasan Sulur Wonomulyo sebagai perguruan tinggi berkarakter dan mandiri.
Lembaga Penjaminan mutu yang secara kelembagaan melekat pada struktur organisasi institusi dan berada pada seluruh tingkatan. Lembaga penjaminan mutu di tingkat perguruan tinggi berfungsi untuk membantu pimpinan Sekolah Tinggi sebagai penanggungjawab penjamin mutu. Unit penjaminan mutu di tingkat prodi berfungsi untuk membantu pemimpin program studi dalam mengimplementasikan penjaminan mutu di tingkat program studi. Keduanya merupakan bagian penting dari upaya peningkatan mutu perguruan tinggi secara keseluruhan. Lembaga Penjaminan Mutu adalah elemen yang berperan untuk memperjelas, menumbuhkan, mengkonsolidasi, mempercepat, mensistematisasikan serta melembagakan gerakan mutu STMIK Hasan Sulur Wonomulyo. Implementasi Penjaminan Mutu STMIK Hasan Sulur Wonomulyo diatur dalam Mapping proses yang terintegrasi mulai dari bidang pendidikan dan pengajaran, penelitian, pengabdian kepada masyarakat serta kemahasiswaan.
Secara internal mekanisme kerja penjaminan mutu mulai dari institusi sampai program studi dalam rangka penguatan system penjaminan mutu internal. Adapun untuk penguatan penjaminan mutu eksternal, STMIK Hasan Sulur Wonomulyo menjalankan penjaminan mutu berdasarkan standar Akreditasi Perguruan Tinggi (BAN-PT).Sistem penjaminan mutu STMIK Hasan Sulur Wonomulyo dilaksanakan melalui siklus yang berkelanjutan dengan pola Plan (Penetapan Standar Mutu), “Do” (Pelaksanaan Standar Mutu), “Check” (Pengendalian Standart Mutu), dan “Action” Perbaikan Berkelanjutan.